컨텐츠상세보기

SNP 유전자형을 이용한 코로나-19 변종 검출
SNP 유전자형을 이용한 코로나-19 변종 검출
  • 저자Helen Harper, Amanda Burridge, Mark Winfield, Adam Finn, Andrew Davidson, David Matthews 외 저
  • 출판사아진
  • 출판일2021-04-20
  • 등록일2021-12-06
보유 2, 대출 0, 예약 0, 누적대출 10, 누적예약 0
대출하기

책소개

양성 SARS-CoV-2 샘플에서 유전자 변이를 추적하면 발생 시 순환하는 변종의 수와 가능한 전송선에 대한 중요한 정보를 얻을 수 있지만 모든 양성 SARS-CoV-2 샘플을 시퀀싱하는 것은 인구 규모의 테스트 및 추적 작업에 엄청난 비용이 들 것이다. 유전자형은 많은 환경에서 양성 SARS-CoV-2 검체를 검사하기 위한 빠르고 처리량이 높고 비용이 낮은 대안이다. 우리는 시퀀싱 된 SARS-CoV-2 샘플을 사용하여 유전적 변화를 식별하기 위해 SNP 식별 파이프라인을 설계했다. 우리의 파이프라인은 고유한 유전자형을 정의할 수 있는 최소 마커 패널을 식별한다. 시스템을 평가하기 위해 2020년 3월과 5월 사이에 조사된 SARS-CoV-2 시퀀스에서 식별된 변형을 탐지하는 유전자형 패널을 개발하고 2020년 4월 영국 남서부 전역에서 수집된 50개의 저장된 qRT-PCR 양성 SARS-CoV-2 임상 샘플에서 이를 테스트했다. 50개의 표본은 15개의 서로 다른 유전자형으로 나뉘었고, 50개의 표본 집합에서 무작위로 선택된 두 표본이 서로 다른 유전자형을 가질 확률은 61.9%였다. 높은 처리량 실험실에서 384-웰 플레이트로 풀링된 qRT-PCR 양성 샘플은 표본당 ￡1.50의 비용으로 마커 패널로 선별할 수 있다. 우리의 결과는 발병 시 순환하는 SARS-CoV-2 변형을 빠르고 비용 효율적이고 신뢰할 수 있는 방법을 제공하는 SNP 유전자형 패널의 유용성을 보여준다. 우리의 분석 파이프라인을 공개적으로 사용할 수 있으며 바이러스 유전형이 발생하거나 순환에서 사라짐에 따라 마커 패널을 주기적으로 업데이트할 수 있다.

목차

제 1편 코로나바이러스 정의

1. 코로나바이러스감염증-19(Covid-19) 정보 7
2. 코로나바이러스 분류 및 특성 9
3. 코로나바이러스 전자현미경 형태 11
4. 코로나바이러스 구조 (Covid-19 Organization) 13
5. 코로나19: 환경에 지속적인 영향을 미칠까? 19
6. 치료법(Therapeutical Method) 22


제 2편 연구논문
Detecting SARS-CoV-2 variants with SNP genotyping

1. Introduction 23
2. Materials and methods 25
3. Results 26
4. Genotyping clinical SARS-CoV-2 samples 28
5. Discussion 30
6. Conclusion 32
7. References 34

한줄 서평