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VIRdb: 바이틸리고 병원체 생성에 관여하는 유전자/단백질 분석을 위한 종합 데이터베이스


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VIRdb: 바이틸리고 병원체 생성에 관여하는 유전자/단백질 분석을 위한 종합 데이터베이스

Priyansh Srivastava, Alakto Choudhury, Mehak Talwar, Sabyasachi Mohanty, Priyanka Narad 외 | 아진

출간일
2020-09-17
파일형태
PDF
용량
11 M
지원 기기
PC
대출현황
보유1, 대출0, 예약중0
콘텐츠 소개
목차
한줄서평

콘텐츠 소개

비틸리고는 표피의 기저층에서 멜라노사이트에 영향을 주는 만성 무증상 질환으로 피부색깔이 뭉클해지게 된다. 방치된 질환의 하나임에도 불구하고 바이틸리고로 고생하는 사람들은 심리적인 장애를 일으키기 쉽다. 현재로서, 자가면역적 함의를 근본 원인으로 추정하기 위해 다양한 연구가 이루어지고 있다. 바이틸리고의 복잡성을 이해하기 위해, 우리는 잠재적 치료 리드와 함께 단백질 수준과 유전자 수준 모두에서 큐레이션된 정보와 함께 바이틸리고에 전적으로 전념하는 종합 저장소를 생산하기 위해 약물-타겟과 시스템 접근방식을 모두 통합한 비틸리고 정보 자원(VIRDB)을 제안한다. 이 25,041개의 천연 화합물은 천연물 활동 및 종 원천 데이터베이스로부터 격리된다. VIRDB는 계산적으로 도출된 잠재적 약물을 통해 바이틸리고에 대한 약물 발견 과정과 실험실 실험을 가속화하려는 시도다. 유전자 온톨로지 및 경로 농축 분석을 통해 검증되는 129개의 미분표현 유전자로 구성된 철저한 자원이다. 상피세포 분화 규제에 관여하는 22개 유전자도 농축분석을 통해 보고한다. 단백질 수준에서 40개의 응고된 단백질은 가상 선별을 통해 도출되는 자연 적중과 함께 분자를 대상으로 한다. 또한 대상 단백질과 다르게 표현된 유전자의 단백질-단백질 상호작용 네트워크와 유전자-제네 상호작용 네트워크를 탐색하여 VIRDB의 효용성을 입증한다. VIRDB에 있는 데이터의 품질과 표준을 유지하기 위해, Cytoscape, Schrodinger's GLIDE와 같은 생물정보학 툴킷의 골드 표준이 MATLAB 프로그램을 통해 결과생성에 사용된다.VIRDB는 "http://www.vitiligoinfores.com/"을 통해 액세스할 수 있다.

목차

제 1편 : MATLAB 기본편
1. MATLAB 기본사용편 003
1.1 MATLAB 시작하기 003
명령창(command Window)에서의 입력 005
도움말(Help)의 이용 007
1.2 입력 오류의 수정 008
계산의 중지 009
MATLAB 종료하기 009
1.3 연산과 변수의 할당 009
연산자 우선순위 011
내장함수 012
1.4 데이터의 표현 013
1.5 변수의 처리 015
변수 이름 015
clear 명령어 016
특수변수와 정수 017
whos 명령어 017
1.6 벡터와 행렬 018
벡터 018
행렬 023
스크린 출력과 억제 024
1.7 랜덤(Random)수와 복소수 025
랜덤 수 025
복소수 027
1.8 기호를 이용한 연산 028
기호식에서의 치환 029
1.9 코드 파일 030
스크립트 코드 파일 030
코멘트의 추가 032
함수 코드 파일 033
사용자 정의함수 036
1.10 간단한 그래프의 생성 037
ezplot을 이용한 그래프 037
plot을 이용한 그래프 039
3차원 그래프 042
1.11 MATLAB과 엑셀(Excel)의 접속 043
엑셀 데이터 불러오기 043
데이터 가져오기 옵션 046
스크립트 생성 옵션 049
함수 생성 옵션 049
생성된 데이터를 엑셀파일로 저장하기 050

제 2편 : 연구논문
VIRdb: a comprehensive database for interactive analysis of genes/ proteins involved in the pathogenesis of vitiligo


1. Introduction 51
2. Methods 52
3. Gene?gene interaction network construction 53
4. Virtual screening against NPASS 54
5. Results 55
6. Discussion and community impact 59
7. Conclusions 60
8. References 61

한줄서평

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